Το Μουσείο της Μπουμπουλίνας ιδρύθηκε το έτος 1991 από τον απόγονό της (τετρασέγγονο) κ. Φίλιππο Δεμερτζή-Μπούμπουλη, στην προσπάθειά του να διασωθεί το αρχοντικό που κινδύνευε από κατάρρευση. Τα έσοδα διαχειρίζεται εταιρία μη κερδοσκοπική με σκοπό την επισκευή και συντήρηση του αρχοντικού, τη λειτουργία του ως μουσείου και πολιτιστικού κέντρου και τη διάδοση της ιστορίας της Ελληνικής Επανάστασης και ειδικότερα της ηρωίδας Λασκαρίνας Μπουμπουλίνας. Το Αρχοντικό της Μπουμπουλίνας κτίστηκε περί τα τέλη του 17ου αιώνα από Μαυριτανό αρχιτέκτονα. Το περίγραμμα του κτιρίου αν το κοιτάξουμε από ψηλά είναι σχήματος Π. Το σχήμα αυτό για την αρχιτεκτονική των Σπετσών εκείνης της εποχής, υποδείκνυε την σπουδαιότητα του ιδιοκτήτη. Οι περισσότεροι προύχοντες του νησιού είχαν σπίτια σχήματος Π. Το Αρχοντικό έχει ισόγειο και δύο ορόφους. Εξωτερική πέτρινη σκάλα συνδέει τη μπροστινή εσωτερική αυλή με τον πρώτο όροφο, όπου στεγάζεται και το μουσείο. Ο επισκέψιμος χώρος στον πρώτο όροφο αποτελείται από τέσσερα μεγάλα δωμάτια.
Η Μεγάλη Σάλα
Αυτό είναι και το πιο εντυπωσιακό δωμάτιο του αρχοντικού όπου γινόντουσαν τα διάφορα πολεμικά συμβούλια, μεταξύ Μπουμπουλίνας και των άλλων καπεταναίων του νησιού. Αναμφισβήτητα επάρθηκαν μέσα σε αυτό το χώρο, αποφάσεις μεγάλης ιστορικής σημασίας. Περίβλεπτη θέση έχει το πανέμορφο ξυλόγλυπτο ταβάνι Φλωρεντιανής τεχνοτροπίας. Η επίπλωση είναι κυρίως Ιταλική και Γαλλική 18ου και 19ου αιώνα. Υπάρχει συλλογή όπλων της εποχής, μεταξύ αυτών και η πιστόλα της Μπουμπουλίνας.
Η Τραπεζαρία
Σε αυτό το δωμάτιο δεσπόζει το ξύλινο χειροποίητο μοντέλο του Αγαμέμνονα. Υπάρχει συλλογή από πορσελάνες, κυρίως Αγγλικής και Κινεζικής προέλευσης.Επίσης μεταβυζαντινές εικόνες με ωραιότερη αυτή του Αγίου Νικολάου, εικόνα που ανήκε στην ίδια τη Μπουμπουλίνα. Σπάνια βιβλία, ανοιγμένα σε προθήκες τραβούν το βλέμμα του επισκέπτη.
Το Δωμάτιο Υποδοχής
Ένα δωμάτιο γενικού ενδιαφέροντος όπου εκτίθενται και διάφορα προσωπικά αντικείμενα της ηρωίδας. Δεσπόζει μεγάλος πίνακας αντίγραφο του γνωστού έργου του Peter Von Hess που απεικονίζει τη Μπουμπουλίνα να διατάσει τον κανονιοβολισμό του Ναυπλίου.
Το Δωμάτιο με το Τζάκι
Το καθημερινό δωμάτιο του αρχοντικού με επίπλωση κυρίως του 19ου αιώνα. Φωτογραφίες των απογόνων της και διάσπαρτα αντικείμενα καθημερινής χρήσης. Ξεχωρίζουν η νυφική βενετσιάνικη κασέλα, το γαλλικό επίχρυσο ρολόι με πορσελάνη Sevres, γαλλικές μινιατούρες, κεντήματα, τσεβρέδες, χάρτες, αφιερώματα και ελαιογραφίες εποχής. Ως χώρισμα μεταξύ των δύο τελευταίων δωματίων η παλιά εκ κατασκευής του κτιρίου ξύλινη ντουλάπα, η λεγόμενη μεσάντρα που χρησίμευε και ως κρύπτη.
