Το Ιστορικό Αρχείο - Μουσείο Ύδρας ιδρύθηκε στα 1918 και στεγάστηκε σε κτίριο που οικοδομήθηκε με δαπάνη του υδραίου εοφπλιστή και ευεργέτη Γκίκα Ν. Κουλούρα.Στους επιβλητικούς του χώρους στεγάζει την πλήρως αναδιοργανωμένη Αρχειακή - Μουσειακή Υπηρεσία και τη βιβλιοθήκη. Το νέο κτίριο εγκαινιάστηκε επίσημα τον Ιούλιο του 1996 και από τότε λειτουργεί σε καθημερινή βάση για τους ιστορικούς ερευνητές και το κοινό των πολυπληθών επισκεπτών του νησιού.
Αρχειακό Τμήμα
Σκοπός του Αρχειακού τμήματος (Ν. 1946/91) είναι ο εντοπισμός, η συγκέντρωση, ταξινόμηση, ευρετηρίαση και τέλος η δημοσίευση παντός είδους αρχειακού υλικού που έχει σχέση με την Ύδρα, την τοπική της ιστορία, την παράδοση και τον πολιτισμό της.Μια μεγάλη ενότητα αρχειακού υλικού, αφορά το Αρχείο της Κοινότητας Ύδρας (1708 - 1865). Στην ενότητα αυτή συγκαταλέγονται 18000 περίπου πρωτογενή έγγραφα, χειρόγραφα, κώδικες και κατάστιχα που σκιαγραφούν διεξοδικά τους προεπαναστατικούς, επαναστατικούς και μετεπαναστατικούς χρόνους της Ελληνικής ιστορίας. Ακολουθούν αρχεία εκπαιδευτικά, διοικητικά, εκκλησιαστικά, συλλογικά κ.λ.π. που ξεκινούν χρονολογικά από τα μέσα του 19ου αιώνα, φθάνοντας συχνά, μέχρι και τις μέρες μας.
Μουσειακό Τμήμα
Ο Μουσειακός χώρος λειτουργεί σε δύο επίπεδα.Στον προθάλαμο του ισογείου εκτίθονται κειμήλια των Βαλκανικών και των Α' και Β' Παγκοσμίων Πολέμων. Προσωπογραφίες πυρπολητών και ναυμάχων της Ύδρας φιλοξενούνται στο κλιμακοστάσιο ανόδου προς τον Α' όροφο. Στον προθάλαμο του Α' ορόφου εκτίθενται ακρόπρωρα και ακροστόλια από πλοία του Αγώνα, η Μεγάλη Χάρτα του Ρήγα Φεραίου καθώς και η μνημειώδης εξωτερική θύρα του αρχοντικού του Γεωργίου Δήμα Βούλγαρη. Στις αίθουσες του ορόφου αυτού έχει δημιουργηθεί θαυμάσια Ιστορική Πινακοθήκη με έργα μεγάλων Ελλήνων και ξένων ζωγράφων. Σ' αυτήν περιλαμβάνονται προσωπογραφίες (κυρίως ελαιογραφίες) ιστορικών υδραϊκών μορφών και πορτραίτα (κυρίως υδατογραφίες) πλοίων του Αγώνα αλλά και νεοτέρων. Εκτίθενται επίσης υδραϊκές ενδυμασίες, όπλα υδραίων αγωνιστών, ωραιότατα χαρακτικά, ναυτικοί χάρτες και σπουδαία μικροκαλλιτεχνήματα του 18 - 19ου αιώνα.
Βιβλιοθήκη
Η βιβλιοθήκη περιλαμβάνει περί τους 10.000 τόμους βιβλίων, κυρίως παλαιών και σπάνιων εκδόσεων, πολλές από τις οποίες χρονολογούνται από τις αρχές του 18ου αιώνα. Το περιεχόμενο της εμπλουτίζεται διαρκώς με νέες εκδόσεις, κατά κύριο λόγο ιστορικές και αρχειακές, αλλά και λογοτεχνικές, περιοδικά, εφημερίδες κ.λ.π.